Panamá cuenta con dos canales: el acuático que abrió en 1914 y el ferrocarril, cuya administración y operación está a cargo de la empresa Panama Canal Railway Company, subsidiaria de Kansas City Southern Industries y Mijack Products y comprende el uso de trenes de alta velocidad para cubrir la ruta de 54 millas en aproximadamente una hora. Los servicios que ofrece el ferrocarril incluye un mayor movimiento de carga como atractivo para los exportadores e importadores. Este es un complemento y no un competidor de la vía acuática.

La reconstrucción del sistema incluyó el reemplazo de todas las líneas ferroviarias, vagones y locomotoras por rieles y equipos de dimensiones estándar. La ruta del nuevo ferrocarril es básicamente la misma que sigue la antigua.

El objetivo del ferrocarril, es convertir a Panamá en un moderno centro de trasbordo consistente en dos grandes complejos portuarios, uno en el Atlántico y el otro en el Pacífico, así como crear los mecanismos correspondientes para que los puertos y el Canal trabajen de manera integral.

La empresa ha incluido la construcción de ramales adicionales para dar servicio a la Zona Libre de Colón, a Manzanillo International Terminal (MIT), Colon Container Terminar (CCT), en el sector Atlántico del Canal y al puerto de Balboa en el sector Pacífico.