Como parte de la organización estructural de la AMP se encuentra la Oficina de Asesoría Legal, la cual brinda un servicio indispensable, pues cumple la función de ilustrar y asesorar, no solo a la Administración y a las distintas direcciones de la Institución, sino también a los usuarios. Temas tan importantes como el otorgamiento de las concesiones a través de resoluciones y la elaboración de contratos, revisión y elaboración de los convenios interinstitucionales, contrataciones que deba realizar la AMP, análisis y elaboración de proyectos de ley y reglamentos que sirvan para desarrollar el sector marítimo, son parte de la labor que realiza esta Oficina.