Ejecutar, de manera privativa, todos los actos administrativos relativos al registro de naves en la Marina Mercante Nacional, autorizar cambios en dicho registro, y resolver su pérdida por causas señaladas en la Ley; expedir los permisos de navegación requeridos para las naves que permanezcan en aguas panameñas. Asimismo, negar solicitudes de abanderamiento cuando a su juicio sean contrarias a los intereses nacionales.
Establecer el procedimiento que deben ejecutar las distintas oficinas de la Autoridad Marítima para atender el proceso de documentación de los buques, el cobro de los servicios y las medidas de control para un servicio óptimo y eficiente.
Estudiar, proponer, coordinar y ejecutar las medidas, acciones y estrategias necesarias para mantener la competitividad de la Marina Mercante Nacional.
Dictar los reglamentos, normas y los procedimientos técnicos o administrativos del registro y expedición de documentación técnica de los buques.
Delegar en otros servidores públicos de esta Dirección General la autoridad para ejecutar actos relativos al registro y expedición de documentos técnicos de los buques, así como en los Cónsules Privativos, quienes tienen facultad para realizar actos relativos al registro provisional de buques con sujeción a lo establecido en la Ley.
Proponer y recomendar los impuestos, tasas y otros cargos que deban pagarse por las naves matriculadas en la Marina Mercante Nacional, así como recaudar y/o fiscalizar el cobro de los impuestos, tasas, derechos y otras obligaciones que deban pagar las mismas.
Procurar que los ingresos, producto del pago de las tasas y derechos de naves inscritas en el registro panameño sean incorporadas a las partidas presupuestarias para los fines para los que fueron creados.
Fiscalizar e ingresar los recaudos y remesas relativos a la Marina Mercante Nacional efectuados por los funcionarios de la Autoridad Marítima de Panamá, por los cónsules panameños y por oficinas autorizadas.
Declarar sin efecto los débitos aplicados a los cónsules y servidores públicos de manejo de la Autoridad Marítima de Panamá, en consideración a las pruebas que existan y los motivos que lo causaron, sujetos al refrendo de la Contraloría General de la República.
Aprobar o negar las solicitudes de descuentos especiales, sobre impuestos, tasas, derechos de abanderamiento, condonación de recargos e intereses y otros cobros que deban pagar las naves inscritas o a inscribirse en la Marina Mercante Nacional, Asimismo las solicitudes de créditos por pagos realizados en exceso u otro concepto con relación a estas naves, sujeto a las condiciones y limitaciones establecidas por Ley.
Velar por el estricto cumplimiento y eficaz aplicación de las normas jurídicas panameñas, convenios internacionales, códigos o lineamientos sobre seguridad marítima, prevención de la contaminación y protección marítima de sus naves.
Realizar las investigaciones sobre accidentes marítimos y derrames o contaminación que involucren naves panameñas dondequiera que se encuentren o de cualquier nacionalidad en aguas jurisdiccionales del Estado.
Sancionar a quienes infrinjan normas legales o reglamentaciones sobre la Marina Mercante Nacional.
Establecer procedimientos para las inspecciones de naves panameñas para un adecuado cumplimiento de las normas sobre seguridad, prevención de la contaminación del medio ambiente y demás obligaciones exigidas por ley.
Designar y supervisar a los inspectores de naves inscritas en la Marina Mercante Nacional para verificar el adecuado cumplimiento de las normas de seguridad, prevención de la contaminación del medio ambiente y demás obligaciones exigidas por ley.
Coordinar y supervisar el ejercicio de las funciones de Marina Mercante que realicen los cónsules privativos de Marina Mercante, las Oficinas Económicas Comerciales de Panamá y cualquier otra autorizada para atender asuntos relacionados con el registro en el exterior, imponer sanciones a los servidores públicos al incumplir obligaciones legales.
Autorizar, fiscalizar, auditar y controlar a las Organizaciones Reconocidas, las Organizaciones de Protección Reconocidas y similares que actúen por delegación del Estado panameño y reglamentar sus procedimientos